By this author

Investigation of the Interactions of Methyl-β-Cyclodextrin and Amphotericin B with Erythrocyte Membrane Components by Molecular Docking

Issue number 5 from 13.12.2025

Цель работы – анализ взаимодействий метил-β-циклодекстрина и амфотерицина В со спектрином, актином и гемоглобином методом молекулярного докинга. Структуры белков взяты из РОВ. Полноатомные модели белков «очищены» от молекул воды и компонентов буфера, выполнена расстановка зарядов на поверхности, выбраны ячейки для «слепого» докинга. Структурные формулы метил-β-циклодекстрина и амфотерицина В взяты из PubChem, сконвертированы в HyperChem. Оптимизация геометрии проводилась с использованием модельного потенциала MM+, жесткие/фиксированные структуры оптимизированы полуэмпирическим квантово-химическим методом PM3. Взаимодействия белково-лигандных комплексов описывали с помощью PLIP. Полная энергия связывания для всех комплексов составила от –4.4 до –10.3 ккал/моль. Комплексы формировались за счет водородных, ван-дер-ваальсовых связей и солевых мостиков. Визуализация наиболее энергетически выгодных положений подтвердила, что и амфотерицин В, и метил-β-циклодекстрин локализовались в центральных полостях гемоглобина и актина и на дистальных участках α- и β-субъединии спектрина. Амфотерицин В образовывал более стабильные комплексы с каждым из белков: прочность водородных связей и количество гидрофобных контактов с белками были выше, чем для комплексов с метил-β-циклодекстрином.

24 0