By this author

The 3VmrMLM Method Provides New Genomic Variants Associated with Fiber Characteristics in Flax

Issue number 1 from 01.01.2025

Лен – важная сельскохозяйственная культура, выращиваемая для получения масла или волокна. Льняное волокно используется в различных областях промышленности, и выведение новых сортов льна-долгунца с лучшими характеристиками волокна представляет интерес. Полногеномный поиск ассоциаций (GWAS) позволяет найти варианты, ассоциированные с характеристиками, важными для качества волокна, однако различия в данных, связанные с разными погодными условиями при выращивании в разные годы, понижают мощность методов GWAS. Метод 3VmrMLM допускает поиск вариантов для данных, измеренных в нескольких средах, позволяя найти новые варианты, не найденные другими методами. В качестве разных сред были взяты измерения в разные годы, и метод позволил найти всего 205 вариантов, характерных для всех или нескольких сред, 37 из которых попадали в тело известных генов с важными функциями. Наличие эффекта некоторых вариантов на характеристики волокна былo также подтвержденo на независимой выборке растений.

30 0

BearBase: Database of the Museum Collection of Polar Bear Specimens

Issue number 1 from 01.01.2025

Вклад музейных коллекций в современные научные исследования существенно вырос благодаря развитию современных омиксных технологий и методов генетического анализа. Однако, несмотря на переход к цифровым форматам хранения данных, управление ими и менеджмент коллекций попрежнему сопряжен с трудностями. Существующие программные инструменты разработаны для решения конкретных задач и часто требуют развитых технических навыков, что ограничивает сферу их применимости. Для решения этих проблем мы разработали BearBase – удобную и портативную систему управления базами данных, не требующую продвинутой экспертизы в сфере информационных технологий. Она имеет как серверные, так и клиентские компоненты, поддерживает работу в автономном режиме, а также синхронизиронизацию с мобильными устройствами для работы в полевых условиях. Пользователи могут легко импортировать данные из таких форматов, как MS Excel, и изменять структуру баз данных по мере необходимости. Программное обеспечение с открытым исходным кодом доступно на GitHub. В настоящее время в BearBase хранятся данные примерно о 500 образцах белого медведя (Ursus maritimus) из коллекции Зоологического института РАН (Санкт-Петербург), охватывающих временной интервал активных исследований и промышленного освоения арктического региона с середины XIX века по наши дни. Кроме того, система может быть использована для управления коллекциями любых биологических или медицинских образцов.

41 0