By this author

Computational Study of Polyligand Complexes of Aspirin with Human Serum Albumin Using Docking and Molecular Dynamics Methods

from 01.01.2025

При исследовании взаимодействий биологически активных соединений с белками и прогнозировании распределения биологически активных соединений внутри организма важно учитывать возможность связывания нескольких молекул препарата с биологической мишенью. В настоящей работе проведено детальное вычислительное моделирование термодинамических характеристик последовательного связывания двух молекул нестероидного анестетика аспирина с обладающими различной афинностью известными центрами связывания лекарств 1–3 в сывороточном альбумине человека. Экспериментальная картина связывания аспирина с альбумином являлась неполной. Докинг аниона аспирина Ас– с альбумином показал, что стабильность комплексов по сайтам посадки изменяется как 1 > 3 > 2. Расчеты связывания методом молекулярной динамики дали уточненную картину, которая не содержит комплексов по центру 3. Свободные энергии связывания ΔGb были рассчитаны расширенным методом линейных энергий взаимодействия с дополнительным учетом вклада энтропии лигандов. Результаты показали, что наиболее выгодный путь образования комплексов состоит в связывании Ас– в первый центр Сюдлова с ΔGb1 = ‒8.2 ккал·моль–1 и далее во второй центр Сюдлова с ΔGb2 = ‒4.5 ккал·моль–1. Рассчитанные значения ΔGb согласуются с экспериментальными данными. Стехиометрия комплексов «альбумин–Ас–» равна 2. Показано существование отрицательного кооперативного эффекта при связывании двух лигандов Ас–. Использованная вычислительная модель и подходы могут применяться в изучении множественного связывания биологически активных соединений, транспортируемых альбумином.

143 0

Computational Study of Polyligand Complexes of Aspirin with Human Serum Albumin Using Docking and Molecular Dynamics Methods

Issue number 1 from 01.01.2025

При исследовании взаимодействий биологически активных соединений с белками и прогнозировании распределения биологически активных соединений внутри организма важно учитывать возможность связывания нескольких молекул препарата с биологической мишенью. В настоящей работе проведено детальное вычислительное моделирование термодинамических характеристик последовательного связывания двух молекул нестероидного анестетика аспирина с обладающими различной афинностью известными центрами связывания лекарств 1–3 в сывороточном альбумине человека. Экспериментальная картина связывания аспирина с альбумином являлась неполной. Докинг аниона аспирина Ас– с альбумином показал, что стабильность комплексов по сайтам посадки изменяется как 1 > 3 > 2. Расчеты связывания методом молекулярной динамики дали уточненную картину, которая не содержит комплексов по центру 3. Свободные энергии связывания ΔGb были рассчитаны расширенным методом линейных энергий взаимодействия с дополнительным учетом вклада энтропии лигандов. Результаты показали, что наиболее выгодный путь образования комплексов состоит в связывании Ас– в первый центр Сюдлова с ΔGb1 = ‒8.2 ккал·моль–1 и далее во второй центр Сюдлова с ΔGb2 = ‒4.5 ккал·моль–1. Рассчитанные значения ΔGb согласуются с экспериментальными данными. Стехиометрия комплексов «альбумин–Ас–» равна 2. Показано существование отрицательного кооперативного эффекта при связывании двух лигандов Ас–. Использованная вычислительная модель и подходы могут применяться в изучении множественного связывания биологически активных соединений, транспортируемых альбумином.

54 0