By this author

Identification of Potential SOX2 Binding Sites to Nucleosomes via Molecular Modeling

Issue number 3 from 07.05.2025

Пионерный транскрипционный фактор SOX2 играет важную роль в регуляции экспрессии генов, связываясь с конденсированным хроматином и индуцируя его деконденсацию. Экспериментальные данные о предпочтительных положениях связывания SOX2 с ДНК в контексте нуклеосомы противоречивы: в одних работах предпочтительным оказывается связывание с внутренними сегментами нуклеосомной ДНК, в других – с краевыми. В рамках данной работы методом молекулярного моделирования проанализированы все возможные варианты связывания SOX2 с нуклеосомной ДНК на различном расстоянии от центра нуклеосомы (определяемым параметром суперспирального положения – SHL) при различной ориентации сайта связывания относительно центра нуклеосомы (определяемой знаком SHL). Показано, что на интактной нуклеосоме связывание возможно в положениях SHL +2, SHL ±4 и SHL ±5, но если допустить смещение нуклеосомной ДНК на одну пару нуклеотидов, то становится возможным связывание в положениях, соответствующих всем целым значениям SHL. Это наблюдение позволяет объяснить часть противоречий между экспериментальными данными.

43 0

Analysis of Protein-Protein Interactions of Human Pioneer Transcription Factors Based on Predictions of the Structures of Their Complexes

Issue number 5 from 11.12.2025

Пионерные транскрипционные факторы из «коктейля Яманаки» осуществляют репрограммирование клеток. Эти белки связываются с гетерохроматином, способствуют его открытию и привлекают белки для изменения эпигенетического ландшафта и активации транскрипции. Однако в литературе нет информации о том, какие белки хроматина привлекаются через прямые белок-белковые взаимодействия с пионерными транскрипционными факторами. В данной работе мы с помощью нейросетевых алгоритмов предсказали потенциальные белок-белковые комплексы трех белков из «коктейля Яманаки» (SOX2, ОСТ4 и KLF4), провели структурный и функциональный анализ полученных комплексов.

39 0