Статьи автора

ОПРЕДЕЛЕНИЕ ВОЗМОЖНЫХ ПОЗИЦИЙ СВЯЗЫВАНИЯ SOX2 С НУКЛЕОСОМАМИ МЕТОДОМ МОЛЕКУЛЯРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ

Номер выпуска 3 от 07.05.2025

Пионерный транскрипционный фактор SOX2 играет важную роль в регуляции экспрессии генов, связываясь с конденсированным хроматином и индуцируя его деконденсацию. Экспериментальные данные о предпочтительных положениях связывания SOX2 с ДНК в контексте нуклеосомы противоречивы: в одних работах предпочтительным оказывается связывание с внутренними сегментами нуклеосомной ДНК, в других – с краевыми. В рамках данной работы методом молекулярного моделирования проанализированы все возможные варианты связывания SOX2 с нуклеосомной ДНК на различном расстоянии от центра нуклеосомы (определяемым параметром суперспирального положения – SHL) при различной ориентации сайта связывания относительно центра нуклеосомы (определяемой знаком SHL). Показано, что на интактной нуклеосоме связывание возможно в положениях SHL +2, SHL ±4 и SHL ±5, но если допустить смещение нуклеосомной ДНК на одну пару нуклеотидов, то становится возможным связывание в положениях, соответствующих всем целым значениям SHL. Это наблюдение позволяет объяснить часть противоречий между экспериментальными данными.

42 0

АНАЛИЗ БЕЛОК-БЕЛКОВЫХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ ПИОНЕРНЫХ ТРАНСКРИПЦИОННЫХ ФАКТОРОВ ЧЕЛОВЕКА НА ОСНОВЕ ПРЕДСКАЗАНИЙ СТРУКТУР ИХ КОМПЛЕКСОВ

Номер выпуска 5 от 11.12.2025

Пионерные транскрипционные факторы из «коктейля Яманаки» осуществляют репрограммирование клеток. Эти белки связываются с гетерохроматином, способствуют его открытию и привлекают белки для изменения эпигенетического ландшафта и активации транскрипции. Однако в литературе нет информации о том, какие белки хроматина привлекаются через прямые белок-белковые взаимодействия с пионерными транскрипционными факторами. В данной работе мы с помощью нейросетевых алгоритмов предсказали потенциальные белок-белковые комплексы трех белков из «коктейля Яманаки» (SOX2, ОСТ4 и KLF4), провели структурный и функциональный анализ полученных комплексов.

38 0