By this author

Identification of Potential SOX2 Binding Sites to Nucleosomes via Molecular Modeling

Issue number 3 from 07.05.2025

Пионерный транскрипционный фактор SOX2 играет важную роль в регуляции экспрессии генов, связываясь с конденсированным хроматином и индуцируя его деконденсацию. Экспериментальные данные о предпочтительных положениях связывания SOX2 с ДНК в контексте нуклеосомы противоречивы: в одних работах предпочтительным оказывается связывание с внутренними сегментами нуклеосомной ДНК, в других – с краевыми. В рамках данной работы методом молекулярного моделирования проанализированы все возможные варианты связывания SOX2 с нуклеосомной ДНК на различном расстоянии от центра нуклеосомы (определяемым параметром суперспирального положения – SHL) при различной ориентации сайта связывания относительно центра нуклеосомы (определяемой знаком SHL). Показано, что на интактной нуклеосоме связывание возможно в положениях SHL +2, SHL ±4 и SHL ±5, но если допустить смещение нуклеосомной ДНК на одну пару нуклеотидов, то становится возможным связывание в положениях, соответствующих всем целым значениям SHL. Это наблюдение позволяет объяснить часть противоречий между экспериментальными данными.

45 0