- Код статьи
- S0006302925010195-1
- DOI
- 10.31857/S0006302925010195
- Тип публикации
- Статья
- Статус публикации
- Опубликовано
- Авторы
- Том/ Выпуск
- Том 70 / Номер выпуска 1
- Страницы
- 161-166
- Аннотация
- Вклад музейных коллекций в современные научные исследования существенно вырос благодаря развитию современных омиксных технологий и методов генетического анализа. Однако, несмотря на переход к цифровым форматам хранения данных, управление ими и менеджмент коллекций попрежнему сопряжен с трудностями. Существующие программные инструменты разработаны для решения конкретных задач и часто требуют развитых технических навыков, что ограничивает сферу их применимости. Для решения этих проблем мы разработали BearBase – удобную и портативную систему управления базами данных, не требующую продвинутой экспертизы в сфере информационных технологий. Она имеет как серверные, так и клиентские компоненты, поддерживает работу в автономном режиме, а также синхронизиронизацию с мобильными устройствами для работы в полевых условиях. Пользователи могут легко импортировать данные из таких форматов, как MS Excel, и изменять структуру баз данных по мере необходимости. Программное обеспечение с открытым исходным кодом доступно на GitHub. В настоящее время в BearBase хранятся данные примерно о 500 образцах белого медведя (Ursus maritimus) из коллекции Зоологического института РАН (Санкт-Петербург), охватывающих временной интервал активных исследований и промышленного освоения арктического региона с середины XIX века по наши дни. Кроме того, система может быть использована для управления коллекциями любых биологических или медицинских образцов.
- Ключевые слова
- биологические коллекции геномика популяционная генетика арктическая фауна базы данных
- Дата публикации
- 24.10.2025
- Год выхода
- 2025
- Всего подписок
- 0
- Всего просмотров
- 16
Библиография
- 1. Benham P. M. and Bowie R. C. K. Natural history collections as a resource for conservation genomics: Understanding the past to preserve the future. J. Heredity, 114 (4), 367–384 (2023). DOI: 10.1093/jhered/esac066, PMID: 36512345
- 2. Card D. C., Shapiro B., Giribet G., Moritz C., and Edwards S. V. Museum genomics. Annu. Rev. Genet., 55, 633–659 (2021). DOI: 10.1146/annurev-genet-071719-020506, PMID: 34555285
- 3. Raxworthy C. J. and Smith B. T. Mining museums for historical DNA: advances and challenges in museomics. Trends Ecol Evol., 36 (11), 1049–1060 (2021). DOI: 10.1016/j.tree.2021.07.009, PMID: 34456066
- 4. Crescente J. M., Guidobaldi F., Demichelis M., Formica M. B., Helguera M., and Vanzetti L. S. Phenobook: an open-source software for phenotypic data collection. Gigascience, 6 (4), 1–5 (2017). DOI: 10.1093/gigascience/giw019, PMID: 28327910
- 5. Raubach S., Schreiber M., and Shaw P. D. GridScore: a tool for accurate, cross-platform phenotypic data collection and visualization. BMC Bioinformatics, 23 (1), 214 (2022). DOI: 10.1186/s12859-022-04755-2, PMID: 35668357
- 6. Bán M., Boné G. M., Bérces S., Barta Z., Kovács I., Ecsedi K., and Sipos K. OpenBioMaps – self-hosted data management platform and distributed service for biodiversity related data. Earth Sci. Inform., 15, 2007–2016 (2022). DOI: 10.1007/s12145-022-00818-3
- 7. Kimble M., Allers S., Campbell K., Chen C., Jackson L. M., King B. L., Silverbrand S., York G., and Beard K. medna-metadata: an open-source data management system for tracking environmental DNA samples and metadata. Bioinformatics, 38 (19), 4589–4597 (2022). DOI: 10.1093/bioinformatics/btac556, PMID: 35960154
- 8. Timón-Reina S., Rincón M., and Martínez-Tomás R. An overview of graph databases and their applications in the biomedical domain. Database (Oxford), 2021, baab026 (2021). DOI: 10.1093/database/baab026, PMID: 34003247
- 9. Page R. D. M. Ozymandias: a biodiversity knowledge graph. PeerJ. 7, e6739 (2019). DOI: 10.7717/peerj.6739, PMID: 30993051
