- Код статьи
- S30345278S0006302925030047-1
- DOI
- 10.7868/S3034527825030047
- Тип публикации
- Статья
- Статус публикации
- Опубликовано
- Авторы
- Том/ Выпуск
- Том 70 / Номер выпуска 3
- Страницы
- 453-470
- Аннотация
- Проведены компьютерные молекулярно-динамические исследования процессов взаимодействия фармакологической пары «вектор–рецептор» для моделирования перспективных механизмов и процессов специфической доставки лекарств в опухоль. Целью вычислительных расчетов являются процессы взаимодействия и определение пространственных положений системы «RGD-пептид + рецептор αβ-интегрина», сольватированного водой. Из молекулярно-динамического моделирования получены конфигурационные положения системы «RGD-пептид + αβ-интегрин» в 100 нерелаксированных состояний. При этом были смоделированы два RGD-пептида, находящиеся вне и внутри рецептора αβ-интегрина. Один из них представляет собой пептид исходного файла PDB, локализованный внутри рецептора αβ-интегрина. Другой RGD-пептид в исходном положении находится вне рецептора, свободно диффундирует по всей области ячейки моделирования и естественным образом вступает в контакт и связывается с αβ-интегрином.
- Ключевые слова
- молекулярная динамика фармакологическая пара «вектор–рецептор» RGD-пептид рецептор αβ-интегрин
- Дата публикации
- 12.03.2025
- Год выхода
- 2025
- Всего подписок
- 0
- Всего просмотров
- 37
Библиография
- 1. Zhang Q., Radvak P., Lee J., Xu Y., Cao-Dao V., Zheng W., Chen C. Z., Xie H., and Ye Y. Mitoxantrone modulates a heparan sulfate-spike complex to inhibit SARS-CoV-2 infection. Sci Rep., 12 (1), 6294 (2022). DOI: 10.1038/s41598-022-10293-x
- 2. Направленный транспорт лекарственных веществ (тематический выпуск). Рос. хим. журнал (Журн. Рос. хим. об-ва им. Д. Н. Менделеева), 56, 1–162 (2012).
- 3. Di Cristo L., Grimaldi B., Catelani T., Vazques E., Pompa P. P., and Sabella S. Repeated exposure to aerosolized graphene oxide mediates autophagy inhibition and inflammation in a three-dimensional human airway model. Mater. Today Bio., 6, 100050 (2020). DOI: 10.1016/j.mtbio.2020.100050
- 4. Yun Y. H., Lee B. K., and Park K. Controlled drug delivery: Historical perspective for the next generation. J. Control. Release, 219, 2–7 (2015). DOI: 10.1016/j.jconrel.2015.10.005
- 5. Mendes R. G., Bachmatiuk A., Buchner B., Cuniberti G., and Rümmell M. H. Carbon nanostructures as multifunctional drug delivery platforms. J. Mater. Chem. B, 1 (4), 401–428 (2013). DOI: 10.1039/c2tb00085g
- 6. Klusenov M. A., Dushanov E. B., Kholmurodov Kh. T., Zaki M. M., and Swellam N. H. On correlation effect of the van-der-waals and intramolecular forces for the nucleotide chain - metallic nanoparticles - Carbon nanotube binding. Open. Biochem. J., 10, 17–26 (2016). DOI: 10.2174/1874091X016100010017
- 7. Каньгин В. В., Кичигин А. И., Губанова Н. В. и Таскаев С. Ю. Возможности бор-нейтронозахватной терапии в лечении злокачественных опухолей головного мозга. Вестн. рентгенологии и радиологии, № 6, 36–42 (2015). DOI: 10.20862/0042-4676-2015-0-6-142-142
- 8. Taskaev S., Bessmeltsov V., Bikchurina M., Bykov T., Kasatov D., Kolesnikov I., Nikolaev A., Oks E., Ostreinov G., Savinov S., Shuklina A., Sokolova E., and Yushkov G. Measurement of the 10B(d,d0)8Be, 10B(d,d1)8Be*, 10B(d,p2)9Be*, 11B(d,d0)9Be, and 11B(d,d2)9Be* reactions cross-sections at the deuteron energies up to 2.2 MeV. Nucl. Instruments Methods Phys. Res., Section B: Beam Interactions with Materials and Atoms, 557, 165527 (2024).
- 9. Kasatov D. A., Kolesnikov Y. A., Konovalova V. D., Porosov V. V., Sokolova E. O., Shchudin I. M., and Taskaev S. Y., Development of a system for forming a beam of cold neutrons for the VITA accelerating neutron source. Phys. Particles Nucl. Lett., 21 (3), 404–409 (2024).
- 10. Taskaev S., Bessmeltsov V., Bikchurina M., Bykov T., Kasatov D., Kolesnikov I., Nikolaev A., Oks E., Ostreinov G., Savinov S., Shuklina A., Sokolova E., and Yushkov G. Measurement of the 11B(p,d0)8Be and the 11B(p,d1)8Be* reactions cross-sections at the proton energies up to 2.2 MeV. Nucl. Instruments Methods Phys. Res., Section B: Beam Interactions with Materials and Atoms, 555, 165490 (2024).
- 11. Case D. A., Cheatham T. E. 3rd, Darden T., Gohlke H., Luo R., Merz K. M. Jr., Onufriev A., Simmerling C., Wang B., and Woods R. J. The Amber biomolecular simulation programs. J. Comput. Chem., 26 (16), 1668–1688 (2005). DOI: 10.1002/jcc.20290
- 12. Case D. A., Aktulga H. M., Belfon K., Cerutti D. S., Cisneros G. A., Cruzeiro V. W. D., Forouzesh N., Giese T. J., Gotz A. W., Gohlke H., Izadi S., Kasavajhala K., Kaymak M. C., King E., Kurtzman T., Lee T. S., Li P., Liu J., Luchko T., Luo R., Manathunga M., Machado M. R., Nguyen H. M., O'Hearn K. A., Onufriev A. V., Pan F., Pantano S., Qi R., Rahnamoun A., Risheh A., Schott-Verdugo S., Shajan A., Swails J., Wang J., Wei H., Wu X., Wu Y., Zhang S., Zhao S., Zhu Q., Cheatham T. E. 3rd, Roe D. R., Roitberg A., Simmerling C., York D. M., Nagan M. C., and Merz K. M. Jr. AmberTools. J. Chem. Inf. Model., 63 (20), 6183–6191 (2023). DOI: 10.1021/acs.jcim.3c01153
- 13. Lee T. S., Cerutti D. S., Mermelstein D., Lin C., LeGrand S., Giese T. J., Roitberg A., Case D. A., Walker R. C., and York D. M. GPU-Accelerated molecular dynamics and free energy methods in Amber18: Performance enhancements and new features. J. Chem. Inf. Model., 58 (10), 2043–2050 (2018). DOI: 10.1021/acs.jcim.8b00462
- 14. Models in bioscience and materials research: Molecular dynamics and related techniques. Ed. by Kh. Kholmurodov (Nova Science Publ. Ltd., 2013).
- 15. Computational Materials and Biological Sciences. Ed. by Kh. Kholmurodov (Nova Science Publ. Ltd., 2015).
- 16. PDB ID: 3ZE2. DOI: 10.2210/pdb3ZE2/pdb
